北京大學(xué)深圳醫(yī)院原名“深圳市中心醫(yī)院”，于1999年底建成開業(yè)，是深圳市政府投資建成的現(xiàn)代化綜合性醫(yī)院。

2001年9月，深圳市政府與北京大學(xué)、香港科技大學(xué)合作，

醫(yī)院更名為“北京大學(xué)深圳醫(yī)院”和“北京大學(xué)深圳臨床醫(yī)學(xué)院”，納入北京大學(xué)附屬醫(yī)院管理體系。

北京大學(xué)深圳醫(yī)院開設(shè)52個臨床醫(yī)技科室，其中1個國家級合作重點(diǎn)學(xué)科、8個省級臨床重點(diǎn)醫(yī)學(xué)專科、1個省級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、8個市級重點(diǎn)學(xué)科及實(shí)驗(yàn)室。北京大學(xué)深圳醫(yī)院有在崗員工2112人，其中擁有副主任醫(yī)師以上職稱的高級技術(shù)人才681名，碩士以上學(xué)位人員535名，有海外留學(xué)經(jīng)歷人員112名。